一天，瞌睡虫王国里的瞌睡虫们苏醒了，他们出来找朋友。
一只瞌睡虫叫可可，她飞向了全国各地，最后在一个学校停了下来，并走进了这座学校，他看见学校里的有很多的学生和老师。她来到一位学生面前，说到到：“你好，我叫可可，你叫什么名字呢？你愿意做我的好朋友吗？”那位同学说：“可以呀，我叫小明，你可以跟我一起学习吗？”可可点了点头。每天小明把可可放到书包里。上课时，可可坐到文具盒里认真听老师讲课，帮助学生做笔记本记。回家后，小明什么都不会，可可就教小明做作业。第二天，可可在学校又碰见另一只瞌睡虫乐乐，他们两个每天在小明的文具盒里一边做游戏，一边记笔记。
有一天，一个坏人听说了瞌睡虫的事情，他心里想：这应该很值钱，于是，一个夜晚，可可在文具盒里睡觉。忽然，听到窗户有动的声音，起来一看，原来有坏人来了。可可跑向小明，在耳朵旁说：有坏人来了。小明一听，轻轻地跑向爸妈房间，说了这个事情。学生爸妈赶紧把窗户关好后，藏到桌子下面，坏人把窗户打开了，跳了进来，学生的爸妈一起来就是打，把坏人打跑了。
可可和乐乐还有小明成了好朋友，可可和乐乐成了博士，小明为可可和乐乐带上了自己做的博士帽。两只小博士瞌睡虫走出了学校，回到了他们的家。